Do các hướng kiểm soát khác nhau, trong kế toán quản trị của chuỗi cung ứng, các mục tiêu khác nhau được theo đuổi và ảnh hưởng lẫn nhau. Một lần nữa, thách thức là yếu tố liên công ty. Các công ty độc lập phải đồng ý về một chiến lược chung cho SCM và xác định các mục tiêu chung. Hai loại mục tiêu tồn tại: trực tiếp và gián tiếp.

Thẳng thắn

Mục tiêu trực tiếp liên quan đến sự hỗ trợ của SCM và kiểm soát. Điều này đảm bảo các quy trình hậu cần giữa các bên trong chuỗi cung ứng hoặc giới thiệu hệ thống đo lường hiệu suất chung để xác minh thời gian giao dịch.

Gián tiếp

Mục tiêu chung, toàn công ty có thể được theo đuổi với kế toán quản trị trong chuỗi cung ứng. Ví dụ là khả năng cạnh tranh, mở rộng hợp tác, tăng trưởng, phát triển thị trường và định hướng khách hàng lớn hơn.